Критика высоко оценила полотно, ставшее творческим отчётом Ге перед Императорской академией художеств за двухлетнюю поездку в Италию. Совет Академии за эту работу присвоил Ге звание профессора исторической живописи. Но церковная цензура сочла картину еретической, запретила печатание её репродукций и требовала снять её с выставки. Одна из главных претензий цензоров состояла в том, что апостолов на картине — меньше двенадцати.
В дело не без изящества вмешался тогдашний российский царь Александр II: он выкупил картину у автора за 10.000 рублей серебром и передал её в дар Музею императорской Академии художеств. Нет данных о том, что царю-освободителю картина нравилась, скорей наоборот. Просто его вмешательство было самым простым и элегантным способом замять скандал в условиях цезарепапизма. После того, как царь купил картину, у всех её вчерашних церковных гонителей появилась уважительная причина попридержать язык за зубами, что они и сделали.
Это, впрочем, совершенно не значит, что они переменили своё мнение о «Тайной вечере», или забыли о ней. После того, как в 1881 году Александра II убили, борьба клерикалов против «Тайной вечери» возобновилась с новой силой. Когда в 1886 году, в рамках просветительской серии о живописи, петербургское издательство «Посредник» попыталось опубликовать репродукцию этой картины с сопроводительным текстом Льва Николаевича Толстого, то духовная цензура запретила к печатанию и статью, и изображение. Запрет оставался в силе ещё 30 лет. Впервые в России репродукция «Тайной вечери» с сопроводительным текстом Толстого вышла в 1916 году, в журнале «Единение», когда ни писателя, ни художника не было уже в живых.
NB. Продолжение: как «Тайную вечерю» запретила инквизиция в Венеции XVI века.